Lediglich seine Band unterrichtete er, ebenfalls laut Hutton, bereits 1989. Nachdem Mercury für die Promotion des 13. Queen-Albums THE MI­­RACLE im Frühjahr 1989 nicht zur Verfügung stand und die Band auch nicht wie sonst auf Tournee ging, verdichteten sich die Gerüchte. Und spätestens nach der Verleihung der „Brit Awards“ Anfang 1990, wo Queen für ihr Werk geehrt wurden und Freddie Mercury bereits abgemagert erschienen war, wurde offen über eine AIDS-Erkrankung des Sängers spekuliert.

Zu Beginn der 90er Jahre steckte die AIDS-Forschung in den Kinderschuhen und war noch weit davon entfernt, ein wirksames Mittel gegen den tödlichen Verlauf einer HIV-Infektion zu finden. Als erstes prominentes Opfer hatte die Krankheit 1985 das Leben von Rock Hudson gefordert. Erst wenige Wochen vor seinem Tod hatte der US-Schauspieler die Öffentlichkeit über seine Erkrankung informiert. Schnell hatte sich AIDS daraufhin in den Medien zu einem beherrschenden Thema entwickelt, das den Menschen zunehmend Angst machte, schließlich hatten sich die Zahlen der von einer Ansteckung Betroffenen in den 80er Jahren auch in Europa zeitweise im Jahresrhythmus verdoppelt.

Zwar war man zunächst der Meinung gewesen, dass die Epidemie auf die Homosexuellen- und die Drogenszene beschränkt bleiben würde, bald jedoch wurde klar, dass dies nicht der Fall war. Weitere prominente Todesfälle waren bis Anfang der 90er Jahre gefolgt, darunter der Musiker Klaus Nomi, der Künstler Keith Haring sowie die Deutschen Klaus Schwarzkopf (Schauspieler) und Michael Westphal (Sportler). Ballett-Superstar Rudolf Nurejew leugnete seine HIV-Infektion bis zu seinem Tod 1993.

Freddie Mercury starb in den Abendstunden des 24. November 1991, nur einen Tag, nachdem das eingangs er­­wähnte Presse-Statement bekannt geworden war, in seinem Haus im Londoner Stadtteil Kensington. Todesursache war eine Lungenentzündung, die infolge der AIDS-Erkrankung aufgetreten war. Zum Todeszeitpunkt hielt sein enger Freund Dave Clark, ehemals erfolgreich mit The Dave Clark Five (›Glad All Over‹), die Nachtwache am Krankenbett. Mercurys engste Freundin Mary Austin übermittelte die Todesnachricht telefonisch an seine Familie. Zeitungen, Radio und Fernsehen meldeten Mercurys Ende in den frühen Morgenstunden des nächsten Tages.

Die Totenfeier wurde am 27. November nach zoroastrischem Religionsritual gestaltet, neben der Familie nahmen 35 enge Freunde des Verstorbenen an der Zeremonie teil, darunter seine Queen-Kollegen und Elton John. Mercurys Leichnam wurde anschließend auf dem Friedhof Kensal Green in Westlondon eingeäschert. Entsprechend der letzten Verfügung des Toten nahm Mary Austin seine Asche in Empfang und begrub sie später an einem unbekannten Ort.

Austin war es auch, der Mercury den Löwenanteil seines Vermögens vermachte, darunter sein Londoner Anwesen (wo sie mit ihrer Familie bis heute lebt) und die Einkünfte aus seiner Musik. Den Rest erbten Mercurys Eltern und seine Schwester. Des Weiteren hatte der Sänger seine engsten Hausangestellten bis hin zu seinem Fahrer mit großzügigen Geldsummen bedacht, auch Jim Hutton vermachte er stattliche 500.000 Pfund.

Die Begrenzungsmauer des Grundstücks Garden Lodge, No. 1 Logan Place, auf dem Freddie Mercury seine letzten Lebensjahre verbrachte, wurde in popgeschichtlicher Hinsicht neben der Abbey Road bald zur meistbesuchten Londoner Pilgerstätte. Bis heute finden sich dort regelmäßig Fans aus aller Welt ein, verzieren die Steinwand mit Graffitis und hinterlassen Briefe an ihr verstorbenes Idol.